摘要：為探究冬蟲(chóng)夏草轉(zhuǎn)錄組中簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSR)位點(diǎn)信息,開(kāi)發(fā)冬蟲(chóng)夏草SSR分子標(biāo)記奠定基礎(chǔ),該研究利用MISA(MicroSatellite)軟件對(duì)冬蟲(chóng)夏草轉(zhuǎn)錄組拼接獲得的16 875 unigene進(jìn)行SSR位點(diǎn)數(shù)據(jù)挖掘,并使用Primer 3. 0軟件設(shè)計(jì)引物。研究發(fā)現(xiàn),冬蟲(chóng)夏草轉(zhuǎn)錄組中4 252條unigene含有5 899個(gè)SSR位點(diǎn),出現(xiàn)頻率為34. 99%,平均每7 952 bp出現(xiàn)1個(gè)SSR位點(diǎn),以單核苷酸和三核苷酸重復(fù)為主,分別占總數(shù)的42. 5%,38. 48%。SSR序列中共包括74種基序類(lèi)型,C/G和CCG/CGG是優(yōu)勢(shì)重復(fù)單元。6種SSR重復(fù)類(lèi)型的重復(fù)次數(shù)集中于5~12次,長(zhǎng)度大多小于24 bp。通過(guò)引物設(shè)計(jì)軟件,共篩選得到12 282對(duì)引物,隨機(jī)挑選的20對(duì)引物用于有效性檢測(cè),19對(duì)引物擴(kuò)增出條帶,引物有效率為95%。10對(duì)引物擴(kuò)增出清晰、可重復(fù)特異性條帶,其中引物P1具顯著多態(tài)性。此外,經(jīng)GO與KEGG功能注釋后發(fā)現(xiàn),含有SSR位點(diǎn)的unigene主要與遺傳和環(huán)境功能相關(guān)。上述結(jié)果表明冬蟲(chóng)夏草轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)出現(xiàn)頻率較高、基元類(lèi)型豐富、多態(tài)性較高,具有較高的可用性,為其遺傳多樣性分析、資源鑒定保護(hù)、基因功能研究等方面提供了豐富的候選分子標(biāo)記。