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剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關(guān)序列SRS47D的生物信息學(xué)分析

摘要:目的預(yù)測剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關(guān)序列(Toxoplasma gondii surface antigen glycoprotein 1-related sequences)SRS47D的結(jié)構(gòu)、修飾位點(diǎn)和免疫原性。方法利用在線軟件ProtParam、ProtScale、SignalP分別預(yù)測SRS47D的理化參數(shù)、親/疏水性、信號肽;利用SOPMA、ESPriit 3.0、Bcepred預(yù)測SRS47D蛋白的二級結(jié)構(gòu)及表面可極性,利用COLIS、TMHMM預(yù)測其卷曲螺旋和跨膜結(jié)構(gòu)域;利用KinasePhos、NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc、和NetPhos分析其修飾位點(diǎn);利用SWISS-MODEL、VAST預(yù)測其三級結(jié)構(gòu)及其與SAG1三級結(jié)構(gòu)的差異,利用ABCpred和Syfpeithi預(yù)測其B、T細(xì)胞表位。結(jié)果 SRS47D蛋白含有376個氨基酸殘基,分子式為C1745H2797N469O587S17,相對分子質(zhì)量約為40×103,理論等電點(diǎn)為4.96;疏水值為71.60,總平均親水性為-0.405。在SRS47D蛋白的二級結(jié)構(gòu)中,α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角、無規(guī)則卷曲所占比例分別為23.14%、19.68%、2.39%和54.79%。SRS47D蛋白具有信號肽序列,無跨膜結(jié)構(gòu)區(qū),具有18個親水區(qū)域(臨界值為1.9)、8個柔性區(qū)域(臨界值為2)和17個表面可及性區(qū)域(臨界值為1.9)。SRS47D蛋白翻譯后修飾位點(diǎn)中包含兩個糖原合成酶激酶位點(diǎn)和兩個O-GlcNAc糖基化位點(diǎn),無N-GlcNAc和C-GlcNAc糖基化位點(diǎn)。與弓形蟲表面抗原糖蛋白1(SAG1)蛋白三級結(jié)構(gòu)比對,SRS47D在β折疊處存在重疊。ABCpred和Syfpeith預(yù)測SRS47D蛋白有24個限制性CTL細(xì)胞表位、13個限制性Th細(xì)胞表位和10個B細(xì)胞抗原表位。結(jié)論 SRS47D蛋白含豐富的B、T細(xì)胞表位,免疫原性好,可能成為弓形蟲病疫苗候選分子。

關(guān)鍵詞:
  • 剛地弓形蟲  
  • 表面抗原糖蛋白相關(guān)序列  
  • srs47d  
  • 生物信息學(xué)  
  • 免疫原性  
作者:
劉輝; 米榮升; 賈海燕; 張曉麗; 王旭; 黃燕; 張燁華; 韓先干; 陳兆國
單位:
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)研究所; 農(nóng)業(yè)部動物產(chǎn)品質(zhì)量安全生物性危害因子風(fēng)險(xiǎn)評估實(shí)驗(yàn)室(上海); 農(nóng)業(yè)部動物寄生蟲學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 上海200241
刊名:
中國病原生物學(xué)

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中國病原生物學(xué)雜志緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:11-5457/R。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1988年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。