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16S擴(kuò)增子技術(shù)研究海鮮樣本菌群結(jié)構(gòu)組成

摘要:目的使用高通量測序方法探究海鮮樣本菌群組成,為基于宏基因組方法的食品潛在致病風(fēng)險(xiǎn)分析和病原體監(jiān)測提供參考。方法對(duì)來自北戴河某海鮮市場的8種海鮮樣本進(jìn)行16S擴(kuò)增子測序,使用生物信息學(xué)方法對(duì)物種組成和微生物多樣性進(jìn)行分析。結(jié)果北戴河不同類型海鮮樣品菌群結(jié)構(gòu)均以變形菌門(Proteobacteria)、浮霉菌門(Planctomycetes)、柔膜菌門(Tenericutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、梭桿菌門(Fusobacteria)、藍(lán)藻(Cyanobacteria)、疣微菌門(Verrucomicrobia)、放線菌門(Actinobacteria)和厚壁菌門(Firmicutes)為主,變形菌門的流行說明具有腐敗風(fēng)險(xiǎn)。樣本間優(yōu)勢菌群存在差異,屬水平棲熱菌屬和假單胞菌屬的存在提示有致病的可能性。同源性序列比對(duì)檢測到副溶血弧菌并使用PCR驗(yàn)證到2例副溶血弧菌陽性。結(jié)論該研究分析4種不同類型海鮮樣本的優(yōu)勢菌群及可能的致病風(fēng)險(xiǎn),并檢測到致病病原副溶血弧菌,可為防控北戴河地區(qū)食源性疾病暴發(fā)提供決策依據(jù)。

關(guān)鍵詞:
  • 16s擴(kuò)增子測序  
  • 海鮮樣本  
  • 菌群組成  
作者:
李沛翰; 林彥鋒; 王凱英; 杜昕穎; 邱少富; 王升啟; 李鵬; 宋宏彬
單位:
軍事科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院; 北京100850; 解放軍疾病預(yù)防控制中心; 北京100071
刊名:
軍事醫(yī)學(xué)

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期刊名稱:軍事醫(yī)學(xué)

軍事醫(yī)學(xué)雜志緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號(hào)為:11-5950/R。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1956年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。