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西洋參bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息學分析

摘要:bHLH是真核生物中一類編碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的基因家族,在植物生長發(fā)育中具有重要的調(diào)控作用。通過對西洋參根、葉、花蕾樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序,篩選其中的bHLH家族基因,利用生物信息學方法對篩選到的基因進行表達模式、蛋白結(jié)構(gòu)、細胞定位及系統(tǒng)進化分析。結(jié)果顯示:從西洋參轉(zhuǎn)錄組中共鑒定得到62個西洋參bHLH家族基因,這些bHLH在根、葉、花蕾中具有4種表達模式。西洋參bHLH亞細胞定位預測主要在細胞核內(nèi),所有表達產(chǎn)物均包含HLH結(jié)構(gòu)域。進化分析顯示,西洋參中62個bHLH基因可分為18個亞類,其中第Ⅺ亞族中包含最多的bHLH成員,共包含11個bHLH蛋白;第Ⅲf、Ⅳa、Ⅲ(a+c)、Ⅰb(2)、Orphans、Ⅳb亞族中的成員數(shù)量均為1個,其他亞族為2~9個。

關鍵詞:
  • 西洋參  
  • bhlh基因家族  
  • 生物信息學方法  
  • 生物合成途徑  
作者:
閆艷; 王希; 周珂輝; 李紀冬; 韓鵬; 邸鵬
單位:
吉林農(nóng)業(yè)大學中藥材學院; 長春130118; 吉林農(nóng)業(yè)大學; 長春130118
刊名:
吉林農(nóng)業(yè)大學學報

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吉林農(nóng)業(yè)大學學報緊跟學術前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:22-1100/S。堅持指導性與實用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1979年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。