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野生矮牡丹高通量轉(zhuǎn)錄組測序分析

摘要:為探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物質(zhì)生物合成的遺傳基礎,本文采用高通量測序技術(shù)Illumina NextSeqTM500對其幼嫩葉片、嫩莖和花芽混合池樣本進行轉(zhuǎn)錄組測序分析。共獲得39450個unigene,其中3563個unigene中有4106個SSR位點。在Swiss Prot數(shù)據(jù)庫中注釋到29420個unigene,其中11個與花青素生物合成過程相關(guān),22個與類黃酮生物合成過程相關(guān),15個與異黃酮生物合成過程相關(guān);NR數(shù)據(jù)庫中注釋高達100%,有12個與類黃酮生物合成相關(guān),7個與花青素生物合成相關(guān);GO數(shù)據(jù)庫中注釋到24291個unigene,分為生物學過程、細胞組分及分子功能等三大類53個功能組,有21個unigene與黃酮、黃酮醇及異黃酮生物合成有關(guān),4個unigene與花青素合成有關(guān);eggNOG數(shù)據(jù)庫中注釋到38238個unigene,涉及植物生長發(fā)育過程絕大多數(shù)生命活動過程;KEGG數(shù)據(jù)庫注釋到5709個unigene,分別定位到6大類別42個代謝途徑,其中25個unigene與花青素生物合成相關(guān)。研究表明,在稷山矮牡丹轉(zhuǎn)錄組序列中,共鑒定和發(fā)掘出多個涉及類黃酮化合物生物合成、花青素生物合成過程的相關(guān)基因序列及SSR位點,為下一步開展相關(guān)代謝合成途徑研究奠定了基礎。

關(guān)鍵詞:
  • 稷山矮牡丹  
  • 轉(zhuǎn)錄組測序  
  • 基因分析  
  • 功能注釋  
作者:
黃春國; 王炳華; 胡桃花; 韓曉麗; 李文廣; 李萍; 郝興宇
單位:
山西農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院; 太谷030801; 山西農(nóng)業(yè)大學林學院; 太谷030801; 山西省農(nóng)業(yè)信貸融資擔保有限公司; 太原030001; 山西省朔州市氣象局; 朔州036000
刊名:
激光生物學報

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期刊名稱:激光生物學報

激光生物學報緊跟學術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:43-1264/Q。堅持指導性與實用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1992年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。