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中國荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速篩查及蛋白功能預(yù)測

摘要:為探究中國荷斯坦牛Toll樣受體1(TLR1)基因與中國荷斯坦牛乳房炎抗性的關(guān)聯(lián)性,以中國荷斯坦牛為試驗(yàn)對象,構(gòu)建DNA混合池,采用PCR擴(kuò)增和直接測序法對中國荷斯坦牛TLR1基因進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測,從而篩選出對中國荷斯坦牛免疫方面有顯著影響的SNPs位點(diǎn),同時(shí)應(yīng)用在線軟件對中國荷斯坦牛TLR1基因編碼的蛋白質(zhì)進(jìn)行功能預(yù)測。結(jié)果表明,中國荷斯坦牛TLR1基因編碼727個(gè)氨基酸,組成了一種不穩(wěn)定的水溶性蛋白,蛋白質(zhì)二、三級結(jié)構(gòu)均以α-螺旋為主;PCR擴(kuò)增后,在擴(kuò)增片段處共發(fā)現(xiàn)8個(gè)SNPs位點(diǎn),分別為A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451T-TLR1、A1461G-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1屬錯(cuò)義突變,分別由原來的賴氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、異亮氨酸(Ile)、纈氨酸(Val)突變?yōu)榧琢虬彼?Met)、亮氨酸(Leu)、纈氨酸(Val)、纈氨酸(Val)、異亮氨酸(Ile),SNPs位點(diǎn)的等位基因頻率在突變前后均存在差異。DNA池結(jié)合直接測序技術(shù)檢測到TLR1基因8個(gè)SNPs位點(diǎn),可作為中國荷斯坦牛乳房炎的遺傳標(biāo)記進(jìn)行深入研究;蛋白質(zhì)功能預(yù)測結(jié)果表明,有多種與免疫相關(guān)的因子幾率較高。本研究結(jié)果為中國荷斯坦牛在分子領(lǐng)域的抗病育種提供了理論依據(jù)。

關(guān)鍵詞:
  • 中國荷斯坦牛  
  • tlr1基因  
  • 單核苷酸多態(tài)性  
  • 蛋白質(zhì)功能預(yù)測  
作者:
吳恩蕓; 任穩(wěn)穩(wěn); 李耀東; 劉麗霞; 曹忻; 張麗
單位:
西北民族大學(xué)生命科學(xué)與工程學(xué)院; 甘肅蘭州730124
刊名:
核農(nóng)學(xué)報(bào)

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核農(nóng)學(xué)報(bào)緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:11-2265/S。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1987年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。